O Programa de Controle Ambiental contempla a descrição de rotinas operacionais, de manutenção e segurança; medidas com vistas a proteção/conservação dos manguezais existentes na área do Circuito Náutico; medidas necessárias a serem tomadas para reduzir as conseqüências de eventos acidentais. O Programa de Monitoramento Ambiental, contemplando entre outros, os seguintes aspectos: qualidade das águas, análise de sendimentos, deposição de sedimentos e fluxos (correntes). O Zoneamento pesqueiro/disciplinamento do uso do Canal de Santa Cruz. O Programa de Educação Ambiental e Capacitação de mão-de-obra, objetivando criar meios para que a população atingida pela implantação do empreendimento seja informada sobre as diversas alterações a serem introduzidas pelo projeto.